تأسس المركز في شهر أبريل من عام 2000 بهدف تعزيز العلوم والتكنولوجيا والثقافة العلمية في الكويت، وانطلق بثلاثة مرافق رئيسية هي: أكواريوم، قاعة الاستكشاف، وصالة عرض آي ماكس. حيث يركز كل مرفق فيه على إيصال العلوم بطرق ذات صلة محليًا، ممتعة وأيضاً تعليمية في نفس الوقت. بدأت فكرة المركز العلمي بمبادرة من أمير الكويت الراحل الشيخ جابر الأحمد الصباح الذي كان يترأس مجلس إدارة مؤسسة الكويت للتقدم العلمي. وقد قامت المؤسسة في تنفيذ هذا المشروع الذي بلغت تكلفته خمسة وعشرين مليون دينار كويتي. وفي 17 أبريل سنة 2000 قام سمو الشيخ جابر الأحمد الصباح بافتتاح المركز العلمي الذي يقع في منطقة السالمية.